В 1796 году победоносный поход Наполеона в Италию развеял надежды апостольской столицы на помощь Бурбонов и Австрии. Толентинский трактат 1797 года подчинил папское государство власти французской Директории. Но 28 декабря того же года произошел мятеж папских войск, и в Рим для его подавления был направлен популярный бригадный генерал Матурен-Леонар Дюфо. В Риме он был убит, что стало поводом для нового вторжения. Генерал Бертье двинулся на Рим, вошёл в город 10 февраля 1798 года и провозгласив Римскую республику, потребовал от папы отречения от его светской власти.
Папа отказался, и по приказу Наполеона Бертье вывез Пия VI в Сиену, а затем в крепость Валанс на Роне, где Папа и умер 29 августа 1799 года.
Тело Пия VI было забальзамировано, но не было захоронено, поскольку Наполеон видел политическую выгоду в том, чтобы похоронить папу во Франции. Папское окружение настаивало, что последней волей Пия было быть похороненным в Риме. В итоге Пий был похоронен в Риме 19 февраля 1802 года.
По указу папы Пия XII в 1949 году останки Пия VI были перенесены в часовню Мадонны в гротах Ватикана. Его останки были помещены в старинный мраморный саркофаг.