Обычно делается так, на сайте генерируется счет на оплату с каким-нибудь идентификатором. Когда покупатель юр лицо оплачивает, то в платежке указывает этот идентификатор, далее уже ответственное лицо со стороны продавца подтверждает, что по такому-то "счету на оплату" произведена оплата