смысл в том что в случае с пхп исходники открыты, и даже если ты зашьешь какую-то безопасность в софт, то ее просто уберет из кода любой мидл с фриланса
а в exe надо реверсить дамп отработки или дизасемблить и заново перекомпиливать приложение , что уже на несколько порядков сложнее и не все защиты вообще можно так обойти