Если какая-то из сторон обмена контролируется слабо (например, удалённые хосты в филиалах) - тогда да, можно делать расшифровку, но проще сделать нормальный документооборот или порталы для этих файлов и использовать для их заливки http/https, ну и проверку на портале хоть антивирусом, хоть песочницей.