Я имел в виду только то, что, если это "обычный" мессенджер, индивидуально хранить статусы сообщений явно не нужно.
А далее — да, можно хранить последнее прочтённое сообщение.
И ещё, если не нужен 100% точный счётчик, и id выдаются централизованно и почти всегда последовательно — вообще ничего считать не надо.