Может конечно у вас и не так, но сильно подозреваю, что пред тем как попасть в гит в виде sql файлов, эта БД где-то существует. М\б на компе разработчика\архитектора и скорей всего он делает дамп схемы БД, который обрабатывает каким-то инструментом (их есть несколько известных) для того чтобы получить набор файлов пригодных для взятия под контроль версий с помощью гит — когда объект БД это файл, группируя объекты БД по типам, таблицы, ф-ции м\б по схемам и т.п. в директории. Разные инструменты делают это по-разному (причем многие не знают про редко используемые объекты БД).
Дык вот, я все это к тому, что лучше не пытаться провернуть фарш обратно, а вместе в разобранным дампом схемы БД хранить под контролем версий рядом и сам дамп, и восстанавливать с его помощью.