пришел к одному довольно простому решению. Т.к. файл в конечном виде статичный и информация в нем не меняется, я ограничил права на его использование, поставив только чтение и исполнение, запись отключил. По идее это должно ограничить возможность его перезаписи сторонними программами и конфиг должен сохраняться в любом случае (ну кроме физического краша носителя)