Ну я не знаю как с сфинксом, но нужно глянуть какие он изменяет файлы, если есть совпадения, смотреть ocmod.log если там пусто, посмотреть есть ли error skip (если не ошибаюсь) в xml файле мегафильтра и ТД по накатной, в том же brainfilter есть привязка по nth-child() и если изменить структуру категорий то сам фильтр посыпается