а чтобы более "луковично" / "гексагонально" было, написал просто чуть-чуть кода и пропатчил внутренние сервисы EF, чтобы всю херню, которая конфижит миграции / бд и прочую дичь (аки контекст - фабрики, энтити конфигурации и прочее), хранить вообще отдельно и в проекте никогда её не видеть в неположенных местах