В конфиге можно указать scope, в моделе нужно его сделать, где написать условие для запроса
Спасибо, разобрался с фильтром в админке в списках элементов, а вот по фильтрации при добавлении другого элемента мне помог ключ 'conditions' => 'is_active = 1', в моем случае это свойство в модели $belongsToMany