Все дело в правильных. Если, например, выборка делается по нескольким полям, то бывает такое, что есть два индекса и монга выбирает не тот, что надо. Это приводит к тому, что ей приходится сканировать в десятки раз больше доков. Как итог - запрос выполянется в 50 раз дольше а то и больше. Поэтому, что в постгре analyze, что в монге .explain, стоит делать регулярно, чтобы понимать что происходит.