Что значит "отсутствие архитектуры"? Монга есть ответвление этой архитектуры, в которой не должно быть ничего, что может потребовать каких-то сложный манипуляций или как-то связано с множеством других данных.
Я пропускаю сравнение масштабирования, т.к. обе хороши и при выборе я бы докатился до сравнения знаний и предпочтений команды.
У монги действительно одна из самых быстрых записей, если подсчитать сколько времени и сил разработчиков будет потрачено на реализацию хитрых индексов и записей в 20 таблиц, относительно преимущества в i/o. Только если I/o критически важно или проект масштабов миллисекунд, тогда это действительно стоит этих усилий.