await userRepository.find({ id })
await userRepository.manager.query(`любой SQL, даже не привязанный никак к таблице user`)
менеджер - это тайпормовская штука, которая держит коннекшен, управляет транзакционностью и тп. И у него есть метод, чтоб вызвать любой sql.
Обычно у любого ОРМа / query builderа есть способ достать коннекшен-объект и у него вызвать методы для прямого выполнения запросов. Например, в Java Hibernate ты тоже можешь из их объекта-сессии достать connection и с помощью JDBC запросы отправлять.