ну, атом и электрон вроде сперва были единым целым.
позже электрон выделился в самостоятельный проект: штука для создания десктопных приложений.
а атом стал проектом на базе электрона: редактор и куча плагинов к нему.
после этого пришел МС, взял атом с его плагинами, и сконфигурировал все как посчитал нужным