Нельзя весь объект перезаписывать ибо могут прилететь коммиты непоследовательно
Я вот думаю, может вам и правда выбрать конфиг построчный и соответственно мержить построчно нужно будет, если структура не меняется, то по сути при достижении консенсуса по 1 строчке такого конфига вы будете принимать ту строчку, к консенсусу которой пришли, например ini или toml, ну на самый крайняк yaml, но для этого структура конфига не должна меняться 😊