сабмодуль нужен для того, чтобы вы нормально могли синхронизировать в одной репе другую.
Т.е. у меня, например, есть папка проекта - это сабмодуль для системы деплоя.
Но если вам так не хочется (что в корне неверно), то можно просто из этой папки удалить .git директорию