я такое не делал, мой второй проект на ноде и первое десктопное приложение, которое я даже пока не начинал писать, с серверной частью разбираюсь
допустим есть команда $ app login, она просит ввести логин:пароль, проверяет все через апи и сохраняет авторизацию на клиенте, и последующие запросы, допустим $ app instance:create 123 будут работать корректно
Посмотри как раюотают сессии.
Обычно это примерное так. Просишь ввести логин и пароль, он отправляется на сервер, сравнивается и если ок, то отдает строку-сессию, прикрепленную к юзеру. Потом ты эту строку-сессию гоняешь при каждом запросе, а на сервере получаешь пользователя с помощью это сесси-строки