АП
var obj = new Object();
var collection = db.collection('users');
test = collection.findOne({
user_id: id
}, function (err, user) {
if (err) {
return console.log(err);
}
else {
Object.assign(obj, user)
}
})
console.log(obj);
И читай про асинхронность в js (promises, async await)