Мноегие с многими, но что бы я не мог например свзять пользователя Дима с городом Киев 2 раза. Было бы тупо иметь 2 связи Дима/Киев Дима/Киев
Вообще это, как уже сказано было выше, не про ноду. Тебе нужен составной уникальный индекс на 2 поля в таблице линков.