на самом деле вопрос почему при запуске приложения идет обращение к файлу миграции, у меня не стоит никаких синхронизаций TYPEORM_SYNCHRONIZE=false
интереснее, как в саму ноду попадает тайпскриптовый код! из доки: nest start simply ensures the project has been built (same as nest build), then invokes the node command in a portable, easy way to execute the compiled application.