я вообще склоняюсь к тому чтобы отдавать ноде минимум кода и логики, она должна заниматься тем что умеет хорошо - http роутингом, потоками, вводом-выводом в сокеты, шаблонизацией, и еще картинки рисовать. С транзакциями и моделью лучше справляются средства самой бд, с планировщиком крон, всякие мейлеры и пуш уведомления гораздо проще выносить в отдельные от сайта скрипты, причем писать их могут даже другие люди на любом языке.