если о протоколе - тут решений куча, в простейшем случае это json и json rpc, если об архитектуре проекта - 🤷♂️, сокеты тут не причем, это просто канал связи, я чаще всего навешивал их на тот же сервер, что и экспресс, в качестве отдельной подсистемы