если по-вашему в одном репозитории это рядом с бизнес-логикой, то да, всё верно
Нет, если рядом с кодом в отдельных файлах, то всё ок. И тут как раз pm2 ничему не противоречит - у него отдельный ecosystem-файл, где всё написано, сколько чего запускать и как рестартовать итп. Прямо infrastructure as code, как все и хотят.
Ну и внутри pm2 юзает тот же самый cluster. В том и плюс, что не надо свой код руками писать.