Поделитесь мнением, хорошо или плохо то, что в ИТ компании используют вместо известных фреймворков таких как например express, собственные разработки?
Вообще ничего страшного, если речь про express.
1. Он в целом и не фреймворк, так что архиектуру им всё равно строить надо какую-то
2. Он и не стандарт, есть куча альтернатив: koa, fastify, собственно http модуль
Если требуется что-то делать иначе (в плане оптимизации, например, или безопасности или других специфик), то небольшой модуль вполне можно написать свой.