В NGW работа с временными данными, которые хранятся только во время сессии, сейчас не поддерживаемый официально сценарий. И у вас два пути:
1. Делать кастомный фронтенд-интерфейс к вашей NGW, в котором можно будет настроить всё что угодно, в том числе сессионную подгрузку геоданных в leaflet/openlayers/mapbox в браузере без их загрузки на сервер.
2. Изобретать сценарий с загрузкой данных в коробочном интерфейсе. Например, можно завести специальную группу ресурсов, в ней настроить права так, чтобы определенный пользователь (или гость) мог в ней создавать векторные слои, но не мог их удалять/изменять. А в остальных группах ресурсов вообще никаких прав. И через инструмент тулбокса дать ему интефейс туда загружать файлы gpx (возможно, с автоматическим добавлением на определенную веб-карту, если это необходимо).