Нет. Ты настраиваешь веб сервер, а nextcloud - это приложение, которое использует веб сервер. Сам вебсервер надо перезапустить чтобы изменения начали работать.
Как в webrtc. А он может использовать разные алгоритмы, в зависимости от того, что поддерживают клиенты. Они договариваются в процессе разговора чем будут пользоваться.
Причем в webrtc сигнальная информация шифруется отдельно от разговора (srtp). Шифрация происходит на транспортном уровне, сами данные идут в открытом виде.