kustomize в кубернетесе - злое зло. особенно на удаление ресурсов. он удалет даже то, что не создавал. вот есть упоминание про, например, неймспейс cert-manager, который используется при деплое, чтобы в него положить сертификатик. неймспейс уже дажно живет, в нем много сертификатиков. но при удалении, kustomize удалит и сертификатик и неймспейс!