Само по себе включение local-arp enable привести к подобной ситуации не может, т.к. с этой командой коммутатор лишь не отправляет ARP запросы в CPU во vlan, в которых нет интерфейса. Какого то неадекватного поведения этой команды с этой версией софта мы не встречали, но софт действительно довольно старый, в более поздних версиях было много исправлений, в том числе критичных. Поэтому рекомендую обновить ПО в любом случае.
То есть именно очистка таблицы mac вызывает очистку таблицы ARP?