Я просто работал с таким проектом, где миграции сделали отдельно. И при этом в одну и ту же базу ходят, как минимум, 6 микросервисов. Ну так вот регулярно было так, что что-то где-то отваливается, потому что разраб, который миграции накатывает, вообще не в курсе, какие микросервисы в ту же базу лазают напрямую.