Возможно в случае с NodeJS Apollo Server действительно присутствует некий оверхэд в виде построения АСТ. Этому есть очень простое объяснение - граф это дополнительный слой абстракции над HTTP. Любой слой абстракции - оверхэд, но именно благодаря им мы не паяем веб-апи на микросхемах.
Потерял 1000rpc - возьми ещё одну железку, они дешёвые как спички. Зато получил удобную абстракцию между клиентом и сервером
А, кстати в качестве транспорта для графа с аполло можно использовать WebSocket. Причём меняется транспорт в одном месте, бизнес-логика остаётся нетронутой. Можно сравнить rest http VS ws graphql. Возможно RPC будет на стороне графа в этом случае