1 Придется собирать на каждом сервере отдельно 2 Нет нормальной фиксации версий node_modules. Можно упасть из-за проблем npm 3 Не будет возможности быстро поставить предыдущую сборку (придется снова выкачивать все модули и собирать)
Это все решает докер, в любом случаи без вебпака придется тащить нодемодулес, вообще не знаю какая минимальная версия нужна для неста, но в тсконфиге можно и на локалке указать в какой ес6 билдить