Ну хз. VPS же наверное кто-то настраивал, в смысле в прошлом (ты или кто-то от тебя). Зайди в папку с сайтом - посмотри что там. Выглядит так, будто у тебя там сайта нет уже, на первый взгляд
Вот и странно. По фтп вроде всё нормально, настраивал не я, я не разбираюсь) А человек сегодня не доступен просто. На выходных будет смотреть.