проще снести всё и заново из бекапа вынуть или даже установить.
в движке миллион фйлов быть может и неизвестно где и каких
а трояна можно положить туда где его даже искать не будут.
на некоторых CMS есть функция анализа для проверки целостности системы
Поэтому я проверяю все файлы. Когда дело у заказчика доходит до такого, обычно бэкапы уже с вредоносами, там либо сайт с нуля делать, либо вот так.