Кстати да. У нас много либ собирается в консоли просто. заменили окружение сборки на то что в NDK и собираем с обычными ./configure и make -j под каждую архитектуру. Студия видит только папку с собраными либами.
У меня проект в котором я не могу продебажить нейтив код, он сделал с помощью ndk-build(или ндк бандл, не помню как точно называется) и есть ещё один проект, в котором все настроено с помощью CMake , который вроде как дебажится .. по этому есть мысли переделать вариант одно на другое