а расскажите, какой у вас порядок разработки своей либы?
@molind выше написал, что в студии пишет только бриджи между с++ и Java.
Я правильно понимаю, что вы разрабатываете либу в удобной для вас IDE, собираете и подключаете в Android-проект готовые so файлы?
А в Android-студии (идее) вы пишите только JNIEXPORT функции, которые обращаются к подключенным so файлам?