Что-то не так делаете. создается standalone тулчейн, запускается на нем configure с флагами нужными, make, make install. Всё штатно
https://wiki.openssl.org/index.php/AndroidВсе делал по официальному ману.
. ./Setenv-android.sh
Error: FIPS_SIG does not specify incore module. Please edit this script.
ANDROID_NDK_ROOT: /opt/android-ndk-r16
ANDROID_ARCH: arch-arm
ANDROID_EABI: arm-linux-androideabi-4.9
ANDROID_API: android-21
ANDROID_SYSROOT: /opt/android-ndk-r16/platforms/android-21/arch-arm
ANDROID_TOOLCHAIN: /opt/android-ndk-r16/toolchains/arm-linux-androideabi-4.9/prebuilt/linux-x86_64/bin
FIPS_SIG:
CROSS_COMPILE: arm-linux-androideabi-
ANDROID_DEV: /opt/android-ndk-r16/platforms/android-21/arch-arm/usr