сюприз, сюприз. тогда я могу предложить вам включить PS и мониторить во что чаще пишет мускул, а через iotop мониторить остальные процессы. идеально к этому будет добавить еще pt-stalk, чтобы иметь полный срез по машине. когда в следующий раз настанет час Х будет больше понимания где конкретно затык: mysql vs external processes и если это мускул, то куда он в этот момент пишет больше всего.