Я так делаю. проверяем на каком бинлоге слейв, и пурджим все логи до него
#Get last binnary log name
BLOGNAME=$(mysql -e"SHOW SLAVE STATUS\G" -u$SL_USER -p$SL_PASS -h$SL_HOST|grep Relay_Master_Log_File|awk '{print $2}')
if [ -z $BLOGNAME ];then
# echo "Can't get logs file name, check for errors";
exit 1;
fi
#Purge binary logs before last
mysql -e "PURGE BINARY LOGS TO '$BLOGNAME'" -u$MA_USER -p$MA_PASS -h$MA_HOST