бред НЕ НУЖНО сносить бинарники. yum умеет делать все правильно. и апдейтить нужно, конечно, всё. это редчайшее исключение, если нужно сохранять старую версию чего-то. а бакап - он, конечно, лишним не бывает.
ну вот я и говорю - нет смысла не апгредить что-то, если прилетает обновление. особенно в rpm-дистрах, типа centos'. там апдейты крайне редко что-то ломают.