Ты еще упускаешь из виду, что тебе потом дальше жить придется ))) Например, если реплика сдохнет.
Сделай дамп с главного сервера с --master-info, отредактируй его, добавив свой партиционинг, очисти вторичный сервер, разверни на нем модифицированный дамп. Включи репликацию. Потом присылай пиво на е-мейл ;)