Это из какого лога запись ?
Что за примерно в это время в логе сервера, указанном в /etc/my.cnf.d/server.cnf ?
Эта ошибка буквально означает, что сервер выходит на read/recv по сетевому соединению, и хочет оттуда что-то прочитать,
а сокет при этом уже отсоединён или сломан , не действующий.
Это либо программная ошибка на клиенте (например, клиент внезапно самопроизвольно закрывает соединение), либо соединение рвётся на уровне ОС,
Например, ресурсы кончаются и ОС "сбрасывает" уже существующие соединения.
Кстати, если клиентский процесс убить (kill -9), тоже наверное что-то похожее будет.