Я сейчас изменил параметры только mysql, не затрагивая код Node JS, и ошибка воспроизвелась в разы быстрее, чем обычно
Ты сначала должен доказать, что тут при чём -то MySQL. Ты это докажешь включив slow query log и получив оттуда запросы с длительностью порядка нескольких секунд