Последние варианты: таблица не в бакетах? Если бакетированная, то их всегда будет одинаковое количество при чтении с помощью .table
Можно прочитать из hdfs, table properties при этом игнорируются.
Или ещё опции чтения hive, spark.sql.hive.convertmetastoreparquet проверить.
Больше ничего предложить не могу, советую работать с тем, что есть.