кстати, мы когда отдавали на сертификацию дистрибутив, то там был пункт про проверку целостности и она также выполнялась на уровне прикладного ПО — программка aide считала хэш-суммы объектов на ФС и хранила их на диске. и у меня тоже была такая мысль, что это сделано как-то неправильно.