то есть я получу в итоге корректную дату?
Атомарность в Монго на уровне отдельных документов, как сказали выше. По идее, вы должны получить последнюю дату(после последнего обновления данных) на момент запроса данных.
На всякий. Будьте осторожны с операцией upsert в метеоре. Навешивайте уникальные индексы заранее на документы, для которых вы применяете ее.