Non-manifold-геометрия может содержать различные ошибки, возникшие в процессе моделирования. Это могут быть висящие эджи (без фейсов); эджи, общие для трех и более фейсов; нормали соседних фейсов, направленные в противоположные стороны; число фейсов, сходящихся в одной вершине может отличаться от числа фейслов, исходящих из этой вершины и пр.
Например, создайте куб, выделите один из его эджей и выполните команду Edit Mesh > Extrude. Итак, мы получили non-manifold-объект. Если бы это был лист бумаги, то это был бы сгиб, от которого было бы сложно избавиться. Если выполнить операцию Boolean для такого куба, то все сразу же станет понятным.
Non-manifold-геометрия может доставить немало боли, поэтому старайтесь избегать ее. Инструмент Cleanup, который находится в меню Mesh, поможет решить многие проблемы, связанные с non-manifold-геометрией.