Для видео так:
Для того чтобы вырезать определенный участок кадра из видео тоже используются фильтры. На этот раз фильтр crop:
ffmpeg -i in.mp4 -vf "crop=out_w:out_h:x:y" out.mp4
out_w - ширина нужного прямоугольника;
out_h - высота нужного прямоугольника;
x,y - задают координаты прямоугольника от начала видео.
Например, обрежем прямоугольник размером 80х60 от позиции 100х200:
ffmpeg -i in.mp4 -vf "crop=80:60:200:100" video.mp4
Кроме этих опций, здесь можно задавать кодеки ffmpeg и форматы, чтобы параллельно выполнить кодирование ffmpeg.