У тегов есть один минус. Пустая папка без записей может существовать. Тег же пропадает в дереве. Например у меня есть структура /работа/проекты/проект1/
И там лежат заметки. Если я все архивирую, то мне создании новой надо заново писать всю цепочку тегов. Поэтому приходится держать неактуальные заметки, чтобы сохранить дерево. Из-за этого мне не прижился(
Хороший кейс. В Ulysses таких проблем нет, но надо сказать, что он куда проще, чем Bear. Зато там есть настоящие папки.
Также он значительно дороже, и позиционируется для написания лонгридов, нежели заметок.