У меня в /var/lib две папки есть:
./mongodb
./mongo
Очевидно что какая-то из них – данные от старой версии монги (или нет?)
Как понять какую можно удалить?
Сделать бекап, удалить и посмотреть не сломалась ли монга – такой себе варик, я её еле поднимаю после поломок.