Как задашь. У меня настроено — я сам решаю, когда мне обновляться. У меня только индикатор загорается, когда обновы есть.
так у меня он тоже загорался в кде , я походу нечайно сам нажал, не мог же он сам решить, три месяца мазолил оповещением своим что пакетов много надо обновить более чем 300